首刷限定版《魔法少女小圆3》、《魔法少女小织1、2》同捆超豪华特典！绝无仅有！梦幻限量收藏盒，极限珍藏，送完为止！（2011年12月7日上市）
本故事围绕着五位魔法少女的成长与冒险展开。见泷原中学二年级的少女鹿目圆，是平凡的女生。神秘转学生晓美焰的出现，让圆的命运开始改变。圆和朋友在回家的途中，发现焰竟然手持武器，猎杀一只伤痕累累，名为丘比的神秘生物。风波过后，丘比希望少女们和自己签订契约，让少女们成为「魔法少女」。但现实远比圆所想的残酷，魔法少女的真相一再冲击着圆想成为魔法少女的想法……（2011年8月13日上市）
【限定版~赠票卡贴】本故事围绕着五位魔法少女的成长与冒险展开。见泷原中学二年级的少女鹿目圆，是平凡的女生。神秘转学生晓美焰的出现，让圆的命运开始改变。圆和朋友在回家的途中，发现焰竟然手持武器，猎杀一只伤痕累累，名为丘比的神秘生物。风波过后，丘比希望少女们和自己签订契约，让少女们成为「魔法少女」。但现实远比圆所想的残酷，魔法少女的真相一再冲击着圆想成为魔法少女的想法……（2011年8月13日上市）
沙耶香的灵魂被丘比做成灵魂宝石，身体不再有知觉，大为震怒，又得知同学仁美即将向上恭介告白，沙耶香心里开始不平衡，甚至怀疑自己究竟为何而战。眼看着她即将因忿恨而变成魔女…新的魔法少女佐仓杏子出现，与沙耶香大打出手…（2011年10月7日上市）
（完结篇）「魔法少女」的真实身份逐渐明朗，沙耶香、杏子开始走向各自的命运。鹿目圆只能继续在一旁默默守护着。即使如此，丘比仍旧一直怂恿小圆「你愿不愿意成为魔法少女呢？」晓美焰拚命防止小圆成为魔法少女的理由是什么…？而小圆最后会如何面对自己的心意呢…？魔法少女们的命运物语，终于完结！（2011年12月28日上市）
故事以中学生鹿目圆的视角，描写以实现愿望为代价的“魔法少女”与敌人作战的严酷命运。
