绯村剑心在幕末是维新派的刽子手，人称拔刀斋，杀人无数。在新时代，他使用一柄逆刃刀四处流浪，立志不再杀人。在东京的神谷道场，剑心遇到了阿薰及一帮朋友们。

十六岁的少女仓桥镇，其父亲是个阴阳师，母亲则是具有召神能力的「护法实」。她所背负的命运，是如何将身上的三柱「九十九神」操纵自如，解除东京陷入黑暗的危机……