俄罗斯的西伯利亚铁路列车上，发生病毒大流行事件，造成许多人丧生。而这个病毒被一位名叫麻耶的女性带进日本，这个女性所属的组织，企图利用这种病毒进行名为「血色星期一」的恐怖攻击。少年高木藤丸的父亲所隶属的政府秘密组织察觉这件事情，而正在进行调查，没想到敌方组织已经先行下手，将藤丸的父亲诬赖为杀人犯，而接下来他们的目标，就是已经知道部份秘密的藤丸…（2009年5月13日上市）
因为遭神秘组织盯上，藤丸父亲被栽赃为杀人犯，妹妹小遥遭人绑架。尽管藤丸靠新闻社的众人之力，成功救回小遥，但小遥却又再次被绑架！眼看小遥命在旦夕，藤丸想出的计策是……？（2009年5月13日上市）
在经过一阵斗智之后，藤丸终于成功的揭开麻耶的真面目，并且成功的抓住麻耶。但就在麻耶被「THIRD-i」审问时，神秘组织的计划还是在进行。而藤丸在一次偶然的机会下与正在逃亡的父亲重逢，还替父亲打败了前来追杀的杀手。而藤丸的父亲也把两个重要的东西交给藤丸…（2009年7月15日上市）
正在被「THIRD-i」审问的折原麻耶突然提出要做司法交易的要求！众人在半信半疑的状况下，答应了麻耶的要求，在麻耶的带领下离开了「THIRD-i」的总部。没想到这一切都是个谎验，麻耶是为了要在潜伏于「THIRD-i」内的间谍一起离开才这么做的。而藤丸也在路上发现间谍的真面目。没想到间谍居然是一个意想不到的人物！（2009年7月29日上市）
宝生小百合终于在小遥与音弥面前展现真面目！但是却在抓着小遥逃跑的过程中遭到射杀！而担心小遥安危的藤丸，主动跟麻耶提出交易的要求。藤丸提出的要求，居然是跟敌人的参谋见面！没想到身为恐怖组织参谋的「J」也答应这个要求，前来与藤丸见面…（2009年8月11日上市）
为了解救在「THIRD-i」总部地下室遭到病毒感染的职员，藤丸努力的寻找「敷村档案」中提到的抗病毒剂。而他为了解开「敷村档案」的密码，前来拜访当初得到「敷村档案」的宗方小姐。没想到藤丸确发现宗方小姐得到的档案是假档案，而且宗方小姐居然也是恐怖组织的一员…（2009年8月25日上市）
因为麻耶潜入『THIRD-i』的关系，储存「圣诞节屠杀」原始档案的芯片被夺走了！后来虽然藤丸查出抗病毒剂的下落，并且成功找到抗病毒剂，但也是在麻耶的妨碍之下，只带走一盒抗病毒剂，其他的则次被破坏殆尽。而顺利与龙之介一起逃出敌人追捕的音弥与小葵，决定前往弥代学院躲藏。没想到恐怖份子的下一个目标，就是弥代学院！（2009年9月16日上市）
弥代学院里出现感染病毒的人！这个人居然是藤丸的好友─立川英！原来恐怖份子企图以这种方式将九条法务大臣等人当成人质，要求释放教祖─神岛紫门。但是手上还有抗病毒剂的藤丸决定要对敌人展开反击！（2009年9月28日上市）
教祖神岛紫门被监禁的关东特殊监狱爆发病毒大流行，恐怖份子们变趁机大摇大摆的救出教祖，并且光明正大的逃出监狱。没想到这一切是藤丸与雾岛为了将恐怖份子一网打尽而演出的一场戏！而藤丸为了替还没有施打抗病毒剂的安子得到抗病毒剂，决定再次与「J」面对面进行交涉。（2009年10月14日上市）
教祖神岛紫门死亡，教团人员大部分也遭到逮捕或死亡。恐怖份子看似已经瓦解了。没想到危机还是继续潜伏在藤丸等人的身边，成为新任导师的「K」居然就是藤丸等人的好友！而藤丸也从成功逃亡的「J」口中得知「血色星期一」的真正意思。原来那并不是由病毒发动的恐怖攻击，而是企图以更可怕的武器发动的恐怖攻击！（2009年12月2日上市）
（完结篇）藤丸等人得知恐怖份子要用来发动的攻击的武器，其实是杀伤力非常强大的中子弹！为了阻止东京遭到毁灭，藤丸等人努力的在寻找中子弹的下落。最后虽然发现中子弹的下落，但却陷入无法阻止炸弹引爆的危机！距离中子弹引爆的时间只剩下10分钟，藤丸是否能够成功的拯救东京的危机？（2009年12月16日上市）
有着当员警的父亲、有个两肋插刀的朋友还有个可爱妹妹的天才高中生黑客高木藤丸，因为他父亲的关系被卷人一起恐怖事件中后，生命受到威胁，身边出现内奸，还要追查幕后主使者是谁…
